Na wielkiego mistrza Henryk Dusemer wybrany został przez kapitułę generalną w Malborku 13 grudnia 1345 r. Zakonowi po klęskach potrzebny był doświadczony i zaprawiony w bojach wódz, a takim był nowy jego zwierzchnik. Zaraz po wyborze w 1346 nabył od Danii Estonię, której tereny rozszerzyły państwo aż do Zatoki Fińskiej. Jednocześnie zorganizował kontruderzenie na ziemie litewskie, które zakończyło się 2 lutego 1348 bitwą nad rzeką Strawą. Armia litewska została doszczętnie rozbita i przez wiele lat nie zagrażała zakonowi.
Epidemia dżumy, która dosięgła w tym roku Prusy pokrzyżowała plany podboju Litwy. Wielki mistrz zmuszony został wycofać wojska zakonne z zajętych terenów, mimo że kryzys szybko zażegnano i państwo zakonu było w stanie odrobić straty. W tym samym czasie kontynuował rozmowy z Polską i w 1349 ustanowił wzajemną granicę na Pomorzu. Wkrótce potem, prawdopodobnie z powodu choroby, Henryk Dusemer zrezygnował z urzędu. Po wyborze następcy wyjechał do Bratiana i nie pełnił już żadnych zaszczytnych funkcji. Zmarł w Bratianie w