Autorzy Illustrated Checklist of the Mammals of the World rozpoznają dwa podgatunki.
Etymologia Pipistrellus: , vispitrello (zdrobnienie od vespertilio) „nietoperz”. pygmaeus: „karłowaty”, od pugmaios „karłowaty, wielkości pięści”, od πυγμη pugmē „pięść”. cyprius: łac. Cyprius „cypryjski, z Cypru”.
Zasięg występowania Karlik drobny występuje w Europie, zamieszkując w zależności od podgatunku: P. pygmaeus pygmaeus – Europa od Irlandii i Półwyspu Iberyjskiego na wschód do Rosji i Kaukazu; także główne wyspy śródziemnomorskie (Baleary, Korsyka, Sardynia i Sycylia). P. pygmaeus cyprius – Cypr.
Morfologia Długość ciała (bez ogona) 36–51 mm, długość ogona 23–36 mm, długość ucha 9–13 mm, długość przedramienia 27,7–32,8 mm; masa ciała 4–7,5 g. Wzór zębowy: I C P M = 34. Kariotyp wynosi 2n = 44, FNa = 50. Karlik drobny jest małym nietoperzem o brunatnym futrze z delikatnie złotawym odcieniem i niewielkimi trójkątnymi, zaokrąglonymi uszami. Koziołki ma niewielkie i rogalikowate. Między nozdrzami zwykle mały, ale wyraźnie widoczny grzbiet. Od innych gatunków odróżniają go błony skrzydłowe, przedramiona i pyszczek prawie tej samej barwy co grzbiet.