Działania niepożądane Ma bardzo dużo możliwych działań niepożądanych, m.in. może doprowadzić do trwałego uszkodzenia szpiku kostnego. Często powoduje wypadanie włosów, krwotoczne zapalenie pęcherza moczowego, nieodwracalne uszkodzenie czynności jajników. Najważniejsze działania niepożądane (uboczne) cyklofosfamidu: supresja szpiku (leukopenia i trombocytopenia) nudności i wymioty (zaliczany do cytostatyków o dużym ryzyku wywołania wymiotów), jadłowstręt zwłóknienie klatki piersiowej uszkodzenie mięśnia sercowego (w większych dawkach) zapalenie pęcherza moczowego łysienie wtórne nowotwory (szczególnie w drogach odprowadzających mocz)
Dawkowanie i drogi podania Cyklofosfamid można podawać doustnie (w tabletkach) lub dożylnie w postaci wlewu kroplowego. We wlewach kroplowych często jest stosowany w połączeniu z adriamycyną jako schemat AC. Istnieją też inne schematy z udziałem cyklofosfamidu, np. CMF, TC (zob.