W 1150 p.n.e. kananejski Aszkelon zdobyli Filistyni, którzy rozbudowali to miasto portowe. Było to jedno z pięciu filistyńskich miast należących do tzw. Pentapolis (Gaza, Ekron, Aszdod, Aszkelon i Gat). Aszkelon pozostawał w ciągłych sporach z Królestwem Izraela i później z Królestwem Judy. W 604 p.n.e. Aszkelon został zdobyty i zniszczony przez wojska babilońskie Nabuchodonozora II. Ludność miasta została wysiedlona i zakończyła się w ten sposób era Filistynów.
Aszkelon został szybko odbudowany i w okresie hellenistycznym był to ważny port morski. Podczas powstania Machabeuszy Aszkelon znalazł się strefie żydowskich wpływów, nie wszedł jednak w granice państwa Machabeuszy. Pomimo to, w I wieku p.n.e. rabin Szymon ben Schetach skazał na śmierć w Aszkelonie 80 kobiet, które oskarżono o czary. Później, krewni kobiet zemścili się, nakłaniając fałszywych świadków do złożenia oskarżeń przeciwko synowi rabina Szymona, co doprowadziło do skazania go.
Prawdopodobnie w Aszkelonie urodził się król Herod Wielki, który rozbudował miasto. Powstały wówczas łaźnie miejskie, fontanny publiczne i duże kolumnady. Herod Wielki finansował tak duże prace budowlane w Aszkelonie, pomimo faktu, że miasto nie wchodziło w skład jego królestwa.