Był profesorem zwyczajnym, przewodniczącym wrocławskiego oddziału Polskiej Akademii Nauk. Małachowicz, znawca średniowiecznej architektury polskiej, prowadził prace rekonstrukcyjne i stworzył wiele teoretycznych rekonstrukcji obiektów. Był autorem kilkunastu publikacji książkowych opisujących zabytki Wrocławia i Wilna oraz prac teoretycznych z dziedziny konserwacji zabytków.
W latach 1965–1972 Małachowicz był miejskim konserwatorem zabytków we Wrocławiu. Członek komitetu organizacyjnego Sympozjum Plastycznego Wrocław ’70.
Przyjaźnił się z Marianem Poźniakiem, malarzem, z którym razem wrócił z Syberii.
Pochowany na Cmentarzu św. Wawrzyńca we Wrocławiu (1a/A/5)śp. Edmund Małachowicz.. mały|Grób Edmunda Małachowicza na cmentarzu św. Wawrzyńca we Wrocławiu
Główne prace thumb|200px|Katedra we Wrocławiu z hełmami projektu prof. Edmunda Małachowicza powojenna odbudowa kilku kościołów i innych zespołów zabytkowych kościół NMP na Piasku we Wrocławiu kościół bernardynów we Wrocławiu kościół św. Krzysztofa we Wrocławiu katedra św. Marii Magdaleny we Wrocławiu kościół św. Klary i św. Jadwigi we Wrocławiu z Mauzoleum Piastów Śląskich we Wrocławiu zabudowa północnej strony ul. Katedralnej we Wrocławiu prace restauracyjne w katedrze wrocławskiej, od 1969 renowacja wnętrza kościoła św.