FC Nürnberg strzelił gola dla Borussii i stał się najmłodszym strzelcem bramki w historii tych rozgrywek.
Latem 2007 roku Şahin został na rok wypożyczony do Feyenoordu. W jego barwach udało mu się zdobyć Puchar Holandii. Dobrą grą w Rotterdamie sprawił, że od razu po powrocie stał się podstawowym zawodnikiem drużyny prowadzonej przez Jürgena Kloppa.
Był kluczowym piłkarzem dortmundczyków podczas ustanawiania klubowego rekordu 7 zwycięstw z rzędu w sezonie 2008/2009. W sezonie 2010/2011 zdobył z klubem mistrzostwo Niemiec i został wybrany najlepszym piłkarzem według magazynu Kicker.
9 maja 2011 roku Nuri Şahin podpisał sześcioletni kontrakt z Realem Madryt. Transfer Turka kosztował Real około 10 milionów euro. Jego oficjalny debiut miał miejsce 6 listopada 2011 roku w meczu przeciwko Osasunie wygranym przez Real 7-1. Sahin pojawił się na boisku w 67 minucie zmieniając Samiego Khedirę. 22 listopada 2011 roku wystąpił w podstawowym składzie drużyny z Madrytu, w meczu przeciwko Dinamo Zagrzeb w Lidze Mistrzów.
25 sierpnia 2012 roku został wypożyczony do końca sezonu do Liverpoolu. 2 września 2012 roku zadebiutował w barwach The Reds, w meczu z Arsenalem.