W 1988 nastąpił rozpad ZKE i pośród powstałych na jego podstawie wspólnot, ukształtował się Kościół Ewangelicznych Chrześcijan, będący kontynuatorem Związku Ewangelicznych Chrześcijan. Kościół w 1990 został wpisany do Rejestru Kościołów i innych związków wyznaniowych pod nr 27.
Zwierzchnicy Kościoła: 1988–1991 – Antoni Pliński 1991–1995 – Tadeusz Tołwiński 1995–1998 – Jan Tomczyk 1998–2004 – Henryk Karzełek 2004–2007 – Jacek Duda 2007–2016 – Tadeusz Tołwiński 2016–2020 – Cezary Komisarz od 2020 – Leon Dziadkowiec
Doktryna Nauka Kościoła jest zbieżna z szeroko rozumianą doktryną ewangelikalną. Akcentuje się w niej grzeszność człowieka, jego niezdolność do poprawy własnymi siłami oraz potrzebę przyjęcia zbawienia, które jest „dostępne za darmo” – przez wiarę w Jezusa Chrystusa. Świadome przyjęcie zbawienia i opowiedzenie się za Bogiem jest (w teologii Kościoła) określane jako nawrócenie. Kościół Ewangelicznych Chrześcijan bywa nazywany „kościołem wyboru”, co znaczy, że jego wierni stali się jego członkami w świadomy sposób (dzieci są pod opieką Zborów, ale nie są ich członkami). Zbory Kościoła praktykują dwa ustanowienia Chrystusa: chrzest przez zanurzenie w wodzie, udzielany na podstawie wyznania wiary oraz Wieczerzę Pańską, sprawowaną pod dwiema postaciami – chleba i wina.