W związku z tym okres po wspomnianym pokoju oraz XVI wiek należy uznać za czas największej prosperity miasta. Znany jest opis miejscowości Aleksandra Gwagnina z XVI wieku: miasto drzewiane między lasy na pagórku, wałem i przekopą obronne. Trudno stwierdzić, ile mieszkańców miało Górzno w interesującym nas okresie. Pierwsze spisy ludności pochodzą bowiem z 2 połowy XVII wieku. Powiatowy Rypin posiadał w 2 połowie XVI wieku około 900 mieszkańców, przypuszczalnie zatem Górzno nie było większe, a nawet mogło być sporo mniejsze. Z tego okresu (1563 r.) pochodzi najstarszy zachowany wizerunek pieczęci miejskiej, przedstawiający rybę.
Pod względem administracyjnym do 1773 Górzno należało do Ziemi Dobrzyńskiej. Położone było początkowo w kasztelani rypińskiej, od XV wieku w powiecie rypińskim. Pod względem administracji kościelnej miasto należało do archidiakonatu dobrzyńskiego diecezji płockiej.