Pierwsza wzmiankę o Opatkowicach znajduje się w bulli papieża Grzegorza IX z 1229 roku. Papież w dokumencie tym bierze pod swoją opiekę ziemie leżące nad Wilgą. W średniowieczu przez Opatkowice przebiegał trakt solny z Wieliczki. Znajdują się tam również informacje o młynie znajdującym się pod opieką opactwa tynieckiego na leżącego na terenie Opatkowic, był to rok 1352 (w końcu XV wieku o młynie wspomina też Jan Długosz zaznaczając, iż jest to młyn dziedziczny).
Pierwszy budynek szkoły został wybudowany w 1903 roku. Szkoła została zniszczona zarówno podczas I, jak i II wojny światowej. Jednak nauka była kontynuowana już w roku 1945. W 1968 szkoła została przeniesiona do nowego budynku. Była to tzw. „tysiąclatka”, która po włączeniu Opatkowic do Krakowa otrzymała numer 134.
W 1949 roku w Opatkowicach powstał Ludowy Zespół Sportowy „Opatkowianka”.
Dnia 1 stycznia 1973 roku Opatkowice zostały włączone do dzielnicy Podgórze, tym samym wprowadzono nazwy ulic.
13 czerwca 2021 roku otwarto przystanek kolejowy Kraków Opatkowice.