Dokument na prośbę kapituły w 1464 roku ponownie wydał Kazimierz IV Jagiellończyk.
Po wybuchu I wojny światowej ewakuowano sąsiednie wsie, (jak zapisano w kronice parafii w Zielonkach) z wyjątkiem Witkowic i Górki Narodowej.
Po odzyskaniu niepodległości Witkowice znalazły się w powiecie krakowskim należącym do utworzonego w 1920 roku województwa krakowskiego. Do 1933 roku Witkowice wraz z Górką Narodową tworzyły jedną z wielu gmin wiejskich. Na podstawie rozporządzenia Rady Ministrów z lipca 1934 roku powstała gmina zbiorowa Zielonki, a Witkowice wraz z Górka Narodową stały się gromadą. W połowie XIX wieku na terenie wsi zlokalizowano umocnienia ziemne zewnętrznego pierścienia Twierdzy Kraków oraz prochownię, którą w 1927 r. zniszczył wraz z częścią zabudowy wsi potężny wybuch amunicjiDorota Gut Eksplozja, od której zatrząsł się Kraków..