W październiku 1785 do Archiwum zaczęły napływać pierwsze dokumenty. Od tej chwili w różnych transzach do Sewilli docierały źródła z najważniejszych instytucji związanych z koloniami, a już wkrótce archiwum stało się najważniejszym zbiorem dokumentów dotyczących administracji hiszpańskiej w Nowym Świecie i na Filipinach. Rok 1760 przyjęto jako cezurę podziału dokumentacji na część administracyjną i historyczną – wszelkie akta sprzed tej daty musiały być wysłane do Sewilli, pozostałe zaś dokumenty instytucje mogły zachować dla celów bieżącego zarządzania.
Dziś archiwum przechowuje ponad 9 km bieżących dokumentacji. To ponad 43 tys. jednostek archiwalnych liczących ok. 80 milionów stron. Wszystkie dokumenty pochodzą z najważniejszych instytucji związanych z hiszpańskimi koloniami: Rady Indii (Consejo de Indias) (XVI-XIX wiek) Domu Handlowego Indii (Casa de Contratación de Indias) (XVI-XVIII wiek) Konsulatów w Sewilli i Kadyksie (XVI-XIX w.) sekretariatów Kancelarii Powszechnej Indii (Despacho Universal de Indias) (XVIII–XIX w.) sekretariatu Trybunału Portowego w Kadyksie (Juzgado de Arribadas de Cádiz) (XVIII–XIX w.) Wydziału Zamorskiego Trybunału Obrachunkowego (Sala de Ultramar del Tribunal de Cuentas) (XIX w.) Królewskiej Kompanii w Hawanie (XVIII–XIX w.)