Nie każdy pacjent musi przechodzić przez wszystkie fazy choroby. AZS może wystąpić we wczesnym dzieciństwie lub w późniejszym okresie rozwoju, ale zazwyczaj początek rozwoju AZS przypada zwykle między 3 a 6 miesiącem życia. U ok. 40% dzieci choroba ustępuje z wiekiem. U pozostałych chorych zdarzają się nawroty w wieku dorosłym. Ze względu na historię naturalną schorzenia może ono trwać wiele lat bądź nawet całe życie.
Cechą wspólną dla wszystkich faz występowania choroby jest uporczywy świąd. Pozostałymi głównymi objawami atopowego zapalenia skóry są: zaczerwienienie i suchość skóry, jej łuszczenie się i skłonność do nawrotowych zakażeń bakteryjnych. W 100% przypadków AZS jest sprzężone z lichenizacją (pogrubieniem) naskórka. Zmiany najczęściej lokalizują się na zgięciach łokciowych i kolanowych, na twarzy i szyi, ale mogą obejmować całe ciało (patrz: erytrodermia). Objawem charakterystycznym dla AZS jest również objaw Dennie-Morgana. W przebiegu schorzenia występują również objawy, które nie są charakterystyczne dla żadnej z faz, są to np. przebarwienia bądź odbarwienia pozapalne skóry, które ulegają repigmentacji po około 6 miesiącach.