Ważne znaczenie w etiopatogenezie ma uszkodzenie bariery ochronnej naskórka (zbudowaną głównie z lipidów, tzw. płaszcz lipidowy). Skóra chorego pod wpływem alergenów – substancji drażniących (mydło, rozpuszczalniki), alergenów wziewnych/kontaktowych (roztocze, sierść) lub pewnych pokarmów (jajka, mleko, białko pszenicy, czekolada, truskawki) i innych szkodliwych substancji pochodzenia zewnętrznego ulega uszkodzeniu i szeregu zmian chorobowych.
Czynniki genetyczne Znaczącą rolę w rozwoju atopii odgrywają skłonności genetyczne. Jednak sposób dziedziczenia i rodzaj haplotypu biorącego udział w patogenezie schorzenia nie zostały dotychczas dookreślone. Ryzyko wystąpienia AZS u bliźniąt jednojajowych wynosi 70%, a u dwujajowych między 20 a 30%. Atopowe zapalenie skóry stwierdzone u obojga rodziców daje 70% szans na ponowienie choroby u dzieci, natomiast diagnoza AZS u matki lub ojca podnosi ryzyko zachorowania u potomków do 30%Atopowe zapalenie skóry, [w:] Honorata Błaszczyk, Anna Zalewska-Janowska, Choroby skóry, Warszawa 2009, s. 79..