Z Unii Pracy odeszła w kwietniu 2005, zakładając nową partię o nazwie Unia Lewicy. Była członkinią komitetu wyborczego Włodzimierza Cimoszewicza w wyborach prezydenckich w 2005. W wyborach do Sejmu w tym samym roku po raz trzeci została posłanką, kandydując z listy Sojuszu Lewicy Demokratycznej. W październiku tegoż roku zakończyła pełnienie funkcji rządowych. W grudniu 2005 wystąpiła z Unii Lewicy, pozostając osobą bezpartyjną.
W wyborach parlamentarnych w 2007 po raz czwarty uzyskała mandat poselski, kandydując z listy koalicji Lewica i Demokraci i otrzymując 14 827 głosów. Od kwietnia 2008 zasiadała w klubie Lewica.
Zginęła 10 kwietnia 2010 w katastrofie polskiego samolotu Tu-154M w Smoleńsku w drodze na obchody 70. rocznicy zbrodni katyńskiej. Jej ciało zostało poddane kremacji. Uroczystości pogrzebowe odbyły się 22 kwietnia 2010 w kościele św. Karola Boromeusza. Izabela Jaruga-Nowacka została pochowana na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (kwatera 176-5-5).