W czerwcu 2005 został szefem sztabu wyborczego kandydata na prezydenta Marka Borowskiego, jednak w sierpniu otwarcie opowiedział się za kandydaturą Włodzimierza Cimoszewicza i został jego rzecznikiem, za co wykluczono go z SDPL i skreślono z listy wyborczej kandydatów na posłów w wyborach parlamentarnych.
Przez kilka lat publikował felietony w tygodniku „Wprost”, zatytułowane Widziane z lewej strony. Po zakończeniu działalności w Sejmie powrócił do pracy na Uniwersytecie Warszawskim. Był też nauczycielem akademickim w Prywatnej Wyższej Szkole Nauk Społecznych, Komputerowych i Medycznych w Warszawie.
W wyborach do Parlamentu Europejskiego w 2009 bez powodzenia ubiegał się o mandat z ramienia koalicji Porozumienie dla Przyszłości, uzyskując 4691 głosów (1,21%). 5 lipca tego samego roku ponownie został członkiem Socjaldemokracji Polskiej.
W grudniu 2009 zadeklarował ubieganie się w 2010 o urząd prezydenta RP z ramienia PD i SDPL, jednak w kwietniu 2010 wycofał się z udziału w wyborach, udzielając następnie poparcia kandydaturze Bronisława Komorowskiego. 27 września tego samego roku został doradcą prezydenta Bronisława Komorowskiego do spraw historii i dziedzictwa narodowego. Pełnił tę funkcję do 5 sierpnia 2015.