Gdy w roku 546 p.n.e. wojska perskie dotarły do Jonii, większość mieszkańców Fokai zdecydowała się opuścić miasto i odpłynąć do Alalii na Korsyce. W 535 p.n.e. Fokajczycy starli się pod Alalią z połączonymi flotami Kartaginy i Etrusków. Ponieśli w bitwie ogromne straty i musieli opuścić Korsykę. Osiedlili się ostatecznie w Elei na południowo-zachodnim wybrzeżu Italii.
Pozostali w mieście uczestniczyli później w powstaniu miast jońskich przeciw panowaniu perskiemu.
Fokaja znana jest także dzięki Homerowi z jego Odysei. Na wyspach leżących w pobliżu miasta miały według tego eposu zamieszkiwać syreny (dziś wiadomo , że w rzeczywistości istniała tam jedna z ostatnich ostoi fok na Morzu Śródziemnym i że ich obecność mogła zainspirować opowieść Homera).
Kategoria:Starożytne miasta greckie w Azji Mniejszej Kategoria:Stanowiska archeologiczne w Turcji