Życie prywatne Był ateistąMoore, Walter J[ohn] (1994). A Life of Erwin Schrödinger (Canto ed.). Cambridge University Press. Bibcode:1994les..book.....M. ISBN 978-0-521-46934-0. str. 289–290. W 1920 roku ożenił się z Annemarie Bertel. Przez pewien czas pozostawał równolegle w nieformalnym związku z Hildą March (żoną fizyka ); z obiema kobietami zamieszkał na Wyspach Brytyjskich. Miał trzy nieślubne córki: Ruth – z Hildą, ur. w Innsbrucku; Nicole – z Sheilą Greene, ur. w Dublinie; Lindę – z Kate Nolan, ur. również w Dublinie.
Kontrowersje Jak podaje „The Irish Times”, Schrödinger wykorzystywał młode dziewczyny, opisując później wszystko w pamiętnikach. Opisał dwa przypadki: 14-letniej Ithi Junger i 12-letniej Barbary MacEntee. Pierwszej z nich mężczyzna dawał korepetycje z matematyki. Oprócz matematyki lekcje obejmowały sporą ilość pieszczot i przytulania – pisał noblista. W pamiętnikach fizyk romantyzował pedofilię, pisząc o dziewczynkach jak o nieodwzajemnionych miłościach. Po publikacji została wydana petycja, by zmienić nazwę sali wykładowej Uniwersytetu Trinity w Dublinie, której patronem jest fizyk.