Po aksamitnej rewolucji w miejscu, w którym upadł przy Muzeum Narodowym, Palach został upamiętniony wmurowanym brązowym krzyżem. W 1990 jego szczątki powróciły na cmentarz Olszański. W 1991 roku został pośmiertnie odznaczony Orderem Tomáša Garrigue Masaryka I klasy. Nazwiskiem Palacha została nazwana odkryta 22 sierpnia 1969 asteroida, (1834) Palach. Nazwę tę nadał jej odkrywca, przebywający na emigracji czeski astronom Luboš Kohoutek.
Plac przed Wydziałem Filozoficznym Uniwersytetu Karola nosi dzisiaj imię Jana Palacha.
Pierwsza pochodnia Po proteście Palacha do końca kwietnia jeszcze 26 osób próbowało aktów samospalenia; 7 z nich zmarło.
Z zostawionego listu Mój czyn ma sens, ale nikt nie powinien go naśladować. Studenci powinni zachować życie, aby spełnić jego cele, by mogli żywi wesprzeć walkę.
Dzień po samospaleniu grupa studentów – wśród nich Jan Zajíc – rozpoczęła pod pomnikiem św. Wacława przerwany w dniu pogrzebu protest głodowy, domagając się realizacji postulatów zmarłego. Nazajutrz po zgonie Jana na placu Wacława zgromadziła się manifestacja, która przeszła na Uniwersytet, gdzie zegary na Wydziale Filozofii zostały zatrzymane na godzinie 3.15. Na czele szli studenci z transparentem Pozostaniemy wierni.