Może to zachodzić w wyniku: inwaginacji (embolii), migracji komórek z warstwy powierzchniowej do wnętrza zarodka, inwolucji, delaminacja – wtedy każda z komórek jednowarstwowej blastuli dzieli się wzdłuż powierzchni równoległej do powierzchni blastuli, dzięki czemu powstaje druga warstwa komórek osiągając etap dwuwarstwowej gastruli, wymodelowania (przekształcania, transformacji) – rozpraszanie się chaotycznie ułożonych zespołów komórek i układanie się nich w warstwach, rozciągania zbieżnego – szczególnie złożone kombinacje różnych ruchów komórek. rozsunięcie się komórek (kawitacja)
Zwykle gastrulacja zachodzi w wyniku kombinacji różnych sposobów.
Gastrulacja nicieni na przykładzie Caenorhabditis elegans Gastrulacja u Caenorhabditis elegans zaczyna się już w stadium 24 komórek, po powstaniu blastomeru P4 (zobacz: bruzdkowanie nicieni). W stadium 26 komórek, kiedy blastocel osiąga największy rozmiar, następuje ingresja (wnikanie do wnętrza zarodka) dwóch komórek wywodzących się z blastomeru E. W przyszłym stadium rozwoju utworzą one jelito. Następnie do wnętrza zarodka migruje blastomer P4 oraz komórki wywodzące się z blastomerów MS, C i D, z których powstanie mezoderma. Na koniec ingresji podlegają te komórki potomne blastomeru AB, z których rozwinie się gardziel.