Nie ma planów stworzenia sterownika USB, jedynie obsługiwane przez BIOS urządzenia USB są obsługiwane przez FreeDOS. Można użyć sterowników USB dla MS-DOS lub jeśli FreeDOS jest używany pod DOSEmu – użyć sterowników Linuksa. Inne popularne emulatory to Bochs (emulujący cały komputer PC) i DOSBox, który emuluje PC, jądro systemu operacyjnego DOS oraz powłokę: programy wewnątrz DOSBox "widzą" DOS-a, jednak nie można zainstalować FreeDOS-a. Można natomiast używać narzędzi FreeDOS wewnątrz DOSBox.
thumb|FreeDOS podczas pracy z powłoką Jądro FreeDOS jest także używane z DOSEMU. DOSEMU pozwala na optymalizowaną dla DOS emulację komputera PC, co umożliwia użycie uproszczonych sterowników (dostarczanych z DOSEMU). System działa znacznie szybciej niż na Bochsie, czy komercyjnym VMware. Niemniej symulacji sprzętu brakuje realizmu w niektórych aspektach: emulowany dysk może być dostępny poprzez wirtualny BIOS, ale programy nie mogą programować bezpośrednio wirtualnego kontrolera dysków. Tyczy się to także wirtualnych kart graficznych czy muzycznych.