Klub nie dostał drugoligowej licencji i formalnie przestał istnieć. Powstałe w 2002 r. Stowarzyszenie Kibiców Pogoni Szczecin – Pogoń Walcząca założyło 26 maja 2003 klub piłkarski Pogoń Nowa Szczecin, który został zgłoszony w Zachodniopomorskim Związku Piłki Nożnej do rozgrywek czwartoligowych w sezonie 2003/2004. Natomiast Antoni Ptak, przedsiębiorca i właściciel Sportowej Spółki Akcyjnej Piotrcovia Piotrków Trybunalski, wcześniej działający w ŁKS (mistrzostwo Polski w sezonie 1997/98) i Lechii/Polonii Gdańsk, postanowił z końcem sezonu 2002/2003 przenieść z Piotrkowa Trybunalskiego do Szczecina drużynę z II-ligową licencją (Piotrcovia, 10. miejsce w II lidze) i zmienić jej nazwę na MKS Pogoń Szczecin. Mimo kontrowersji, jakie wywołał ten pomysł w szczecińskim środowisku, przedsiębiorca ze Rzgowa zrealizował swoją koncepcję, uzyskując prawa do nazwy, barw i tradycji klubu w wyniku umowy z Pogonią Nową. Do rejestracji nowej spółki doszło 8 lipca 2003 roku. Pierwsza drużyna nowego klubu zajęła miejsce Piotrcovii w II lidze, a miejsce Pogoni Nowej w IV lidze kibice przekazali rezerwom.