Portowcy utracili ekstraklasę w roku 1996, ale na krótko. Powrót nastąpił już w kolejnym sezonie.
Kryzys Na przełomie tysiącleci rozpoczął się najtrudniejszy okres w historii Pogoni. Zarząd Portów Szczecin-Świnoujście wycofał się z finansowania i zarządzania klubem, rozpoczęto więc poszukiwania innych źródeł utrzymania klubu. W 1999 roku miasto zaoferowało tureckiemu przedsiębiorcy Sabriemu Bekdaşowi tereny przy stadionie, w zamian za finansowanie Pogoni. 29 grudnia powołano do życia Sportową Spółkę Akcyjną Morski Klub Sportowy Pogoń Szczecin. Polityka zatrudniania przez Bekdaşa w Pogoni piłkarskich gwiazd (Dariusz Gęsior, Grzegorz Mielcarski, Jerzy Podbrożny, Kazimierz Węgrzyn, Brasília, a nawet Oleg Salenko, król strzelców Mundialu w 1994, który zresztą zaliczył w Pogoni tylko jeden kilkunastominutowy występ) przyniosła efekty. W 2001 roku Pogoń zdobyła drugie w swych dziejach wicemistrzostwo Polski, ustępując w tabeli jedynie wschodzącej gwieździe Wisły Kraków.