liga102006/07I liga16↓2007/08IV liga1↑2008/09II liga2↑2009/10I liga52010/11I liga62011/12I liga2↑2012/13Ekstraklasa122013/14Ekstraklasa72014/15Ekstraklasa82015/16Ekstraklasa62016/17Ekstraklasa72017/18Ekstraklasa112018/19Ekstraklasa72019/20Ekstraklasa62020/21Ekstraklasa3 2021/22Ekstraklasa3 2022/23Ekstraklasa42023/24Ekstraklasa42024/25Ekstraklasa42025/26Ekstraklasa9
Pogoń Nowa skupiła się na prowadzeniu drużyn młodzieżowych (początkowo po dwie drużyny juniorów i trampkarzy). W roku 2004 zespół prowadzony przez w walce o ćwierćfinał mistrzostw Polski juniorów starszych pokonał faworyzowaną drużynę Lecha Poznań.
W sezonie 2004/2005 Pogoń zajęła w ekstraklasie 9. miejsce (na 14 zespołów) i została zgłoszona do Pucharu Intertoto. Była to swoista rekompensata ze strony PZPN za nieuczciwe wyeliminowanie Pogoni w ćwierćfinale Pucharu Polski, wskutek fałszywych decyzji sędziego Roberta Werdera, później jednego z bohaterów afery korupcyjnej. W I rundzie Pogoń wyeliminowała mołdawski Tiligul-Tiras Tiraspol, w II rundzie Portowcy odpadli po dwumeczu z czeską Sigmą Ołomuniec.