Pod względem fizyczno-geograficznym osiedle leży w obrębie makroregionu Pradolina Toruńsko-Eberswaldzka, mezoregionu Kotlina Toruńska i mikroregionu Miasto BydgoszczŚrodowisko przyrodnicze Bydgoszczy. Praca zbiorowa pod red. Józefa Banaszaka, Wydawnictwo Tanan. Bydgoszcz 1996. Cały obszar osiedla leży na terasie VI pradoliny Wisły (ok. 55 m n.p.m.).
Charakterystyka Na terenie Flisów znajduje się kompleks zabudowy jednorodzinnej rozlokowany wzdłuż ul. Mińskiej i ulic przyległych. W zachodniej części obszaru znajduje się stacja kolejowa Bydgoszcz Zachód, śluza Czyżkówko oraz nieczynna śluza VI na Kanale Bydgoskim. Północną część zajmuje las sosnowy, którego skrajem płynie malowniczy ciek Flis, zaś wzdłuż Kanału Bydgoskiego znajduje się teren rekreacyjny wraz z wytyczonym traktem spacerowym i ścieżką rowerową.
Na terenie osiedla Flisy znajduje się m.in. niepubliczne przedszkole, Szkoła Perpetuum MobileFundacja Kreatywnej Edukacji. Szkoła podstawowa - informacje dla rodziców (dawna Katedra Geografii Uniwersytetu Kazimierza Wielkiego)Tuż przy Kanale Bydgoskim będzie szkoła, przedszkole i punkt opieki dla maluchów, a nad Kanałem Bydgoskim (na brzegu południowym – po stronie osiedla Miedzyń) – marina Gwiazda.