Potem ukrywała się na Praterze. Po wejściu Rosjan wyjechała do Linzu, a w lipcu 1945 roku wróciła do Warszawy, co opisywała tak: Pamiętam doskwierającą, przemożną nostalgię za Warszawą. W snach szłam Marszałkowską w stronę pl. Zbawiciela, padał deszcz i budziłam się zalana łzami.
thumb|left|200px|Joanna Flatau, ze swoim ojcem Edwardem Flatauem. Około roku 1932. W czasie wojny zainteresowała się psychiatrią m.in. dzięki Maurycemu Bornsztajnowi, co opisała w następujący sposób: Pan Maurycy był psychoanalitykiem i zaczął u nas przyjmować pacjentów, w pokoju obok mojego. Leżąc przy drzwiach podsłuchiwałam – były to absolutnie pasjonujące lekcje psychiatrii. W latach 1946–1952 odbyła studia na Wydziale Lekarskim UW i ukończyła Akademię Medyczną w Warszawie 22 grudnia 1952 roku. Jej przyjaciel z okresu studiów, chirurg Maciej Grochowicz, tak ją wspomina: Kilka lat po okrucieństwach II wojny, kiedy poznałem Joannę, wiedziałem o jej cierpieniach, zagrożeniu życia i przymusowej pracy, ale cudowna, optymistyczna cecha jej charakteru sprawiła, że była już wtedy odrodzona, otwarta na przyszłość i pełna radości życia. Wszyscy, którzy w tym okresie obcowali z Joanną, pamiętają piękną, elegancką dziewczynę, mająca ogromne powodzenie, niezwykle wprost życzliwą i pomocną w trudnych sytuacjach... Była lekarzem znakomitym.