Organizator ligi Do 2001 roku organizatorem zmagań ligowych wszystkich szczebli koszykówki kobiet był Polski Związek Koszykówki (PZKosz.). W latach 2001–2013 zarządzaniem rozgrywkami najwyższego szczebla zajmował się – utworzony w tym celu – podmiot o nazwie Polska Liga Koszykówki Kobiet Sp. z o.o. (PLKK Sp. z o.o.). Od początku funkcję Prezesa Zarządu PLKK Sp. z o.o. pełnił Wiesław Zych i był nim do zakończenia działalności spółki.
13 marca 2013 roku na posiedzeniu zarządu PZKosz. podjęto decyzję, że od początku sezonu 2013/2014 to Polski Związek Koszykówki – a nie PLKK Sp. z o.o. – ponownie będzie organizatorem rozgrywek najwyższego szczebla. Przyczyniły się do tego – narastające od wielu lat – niezadowolenie klubów z działań PLKK Sp. z o.o. i nienależyte zabezpieczanie interesu klubów, będących członkami ligi. Największe kontrowersje budziła forma wsparcia finansowego.