Tomasza zawarli w 1599 roku na synodzie w Diamper unię kościelną ze Stolicą Apostolską.
Uporczywe zwalczanie doktryny nestoriańskiej oraz wykorzenianie malabarskich obyczajów na rzecz obrządku rzymskiego doprowadziły do zdecydowanego sprzeciwu. W 1665, po spaleniu na stosie przysłanego przez kościół koptyjski biskupa, część wyznawców zgromadziła się w Mattancherry, by poprzysiąc odrzucenie zwierzchnictwa papieskiego i powrót do starożytnej tradycji przyjmowania biskupa z jednego z Kościołów wschodnich. Wydarzenie to zostało nazwane koonan kurisu – przysięga pod krzyżem Koonan. Duchowieństwo poprosiło patriarchę syryjskiego o przysłanie do Indii biskupa, do czego doszło dwa lata później. Patriarcha zażądał przyjęcia przez nich przedchalcedońskiej doktryny i rytu antiocheńskiego, przez co Kościoły malankarskie posługują się od tej pory obrządkiem zachodniosyryjskimThe Malankara Orthodox Syrian Church - history.