W momencie wybuchu wojny automatycznie objął stanowisko szefa Sztabu Naczelnego Wodza, marsz. Śmigłego-Rydza. Po ewakuacji Naczelnego Wodza do Brześcia gen. Stachiewicz pozostał w Warszawie do 9 września w celu koordynacji obrony linii środkowej Wisły, po czym dołączył do sztabu w Brześciu. Na rozkaz Naczelnego Wodza 18 września 1939 przekroczył ze sztabem granicę rumuńską, gdzie został internowany w Stanic-Prahova koło Ploeszti. W styczniu 1940 uciekł z internowania i przez Bukareszt trafił do Jugosławii, skąd na rozkaz gen. Kukiela udał się do Algieru.
Na skutek nacisków gen. Sikorskiego został internowany przez władze francuskie w Algierze. 6 listopada 1943 został wezwany przez nowego Naczelnego Wodza, gen. Kazimierza Sosnkowskiego do Londynu, gdzie jednak przebywał do końca wojny bez jakiegokolwiek przydziału. Po wojnie, w grudniu 1946 został zdemobilizowany.
W grudniu 1948 przeniósł się do Kanady, do Montrealu, gdzie zamieszkał ponownie z przebywającymi tam żoną i dziećmi. Poświęcił się pracy pisarskiej i badawczej nad polskimi przygotowaniami do wojny. Naczelny Wódz, gen. broni Władysław Anders, mianował go generałem dywizji ze starszeństwem z 1 stycznia 1964. Zmarł 12 listopada 1973 w Montrealu na atak serca.