Według danych z 1857 miejscowość liczyła 147 mieszkańców, rolnicy dysponowali 88 ha ziemi, a właściciele ziemscy 117 ha. Pod koniec XIX wieku funkcjonowała tu cegielnia, w miejscu zwanym później „Piecowisko”. W latach 20. XX wieku w Wilczkowicach znajdowało się niespełna 30 budynków, a liczba ta zaczęła wzrastać w latach 30. XX wieku. Po wybuchu II wojny światowej miejscowość została zaanektowana do III Rzeszy. Mieszkańcy pomagali więźniom pobliskiego obozu zagłady Auschwitz-Birkenau, np. podkładając im żywność w miejscach pracy poza obozem. Długoletnim powojennym administratorem wsi został Władysław Jankowski. W 1948 wybudowano Dom Ludowy, używając materiałów z rozbiórki baraków obozu Auschwitz. Doszło wówczas do elektryfikacji wsi, a w latach 60. XX wieku wybudowano drogę z Rajska przez Wilczkowice do Skidzinia, z dużym wkładem pracy społecznej, podobnie jak wyasfaltowanie pozostałych dróg w latach 80. W 1993 ukończono gazyfikację miejscowości.