Z tego okresu pochodzą znaleziska narzędzi kamiennych w Trześni.
W Trześni około 1300 roku istniała kapelania, co potwierdza akt lokacyjny wsi Węgrzynowo z 1302 roku, który jako świadków wymienia m.in. Wita kapelana z Trześni. Pełne prawa parafii Trześń uzyskała między rokiem 1302 a 1325, w tych latach powstał tam również drewniany kościół. Fundatorem parafii był najprawdopodobniej ród rycerzy z Galowa, gdzie jeden z nich – Pełka występuje w dokumencie z roku 1365 jako dziedzic z Trześni. Do parafii w Trześni należały osady: Sokolniki, Nadbrzezie, Zarzykowice i Ostrów. W 1365 roku w dokumencie z dnia 4 stycznia, Trześń została sprzedana przez dziedzicznego właściciela Pełkę z Galowa Rafałowi z Tarnowa.
Rafał Tarnowski, dbając o rozwój wsi, jeszcze w tym samym roku dokonał jej przeniesienia z prawa polskiego na prawo niemieckie. Wiele informacji na temat Trześni w XV wieku przedstawia Jan Długosz w Księgach Majątkowych. Długosz pisze, że w Trześni istniał kościół drewniany pod wezwaniem św. Mikołaja, którego proboszczem w tamtym czasie był prezbiter Maciej. We wsi były zarówno łany kmiecie, jak i zagrodnicy, folwark rycerski i karczmy. Średniowieczny okres dziejów Trześni zakończył się wraz ze śmiercią Jana Tarnowskiego. W dokumencie z 15 lutego 1508 roku Trześń odziedziczył jego najmłodszy syn – Spytek Tarnowski.