Sprawa została rozstrzygnięta dopiero w 1583 r., zawartym siódmego października kompromisem. Kustosz zrezygnował z własnego folwarku, zostawiając jedynie na własną potrzebę ogród, browar i sadzawki. W zamian użytkownicy gruntów mieli zapłacić kustoszowi dodatkowy czynsz.
Kolejny – już poważniejszy – spór wybuchł 300 lat później, w XVIII w. i dotyczył obrony własnych praw wobec wykorzystującego mieszkańców kustosza (czynsz wyliczany na podstawie aktualnych walorów, zwiększenia ciężarów nominalnych). Wówczas to krawiec Andrzej Bułat podniósł bunt odmawiając pracy na rzecz dworu. Kustosz wysłał do domu buntownika własnych ludzi, ci zaś sprzedali zboże krawca i zabrali naprawione ubrania. Jego samego związanego przywieziono do Krakowa.
W 1737 roku kustosz Sebastian Komecki wysłał do Szczytnik oddział trzynastu zbrojnych, którzy mieli stłumić chłopskie bunty. Chłopi jednak nie poddali się – postanowili sprawiedliwości szukać u papieża. W podróż do Rzymu udało się dwóch mieszkańców wsi: Jan Ćwikliński i Wojciech Kleczkowski wraz z wójtem wsi Górki BujasemJan Kracik – Strażnicy Katedry Krakowskiej, Rocznik Krakowski, tom XLIX, Kraków 1978. 3 lutego 1766 roku kapituła katedralna poleciła sprawę z chłopami zakończyć.