W połowie XIV w. wylew Dunajca zniszczył ten kościół. Pod koniec XIV w. powstał następny kościół, który jednak wybudowano na wzgórzu w Jodłówce (obecnie przysiółek Szczepanowic). Patronem kościoła był św. Mikołaj Biskup.
Po wylewie Dunajca ok. 1460 r. część jego wód płynęła dawnym korytem, tj. bliżej Wojnicza, a część korytem nowym, bliżej Szczepanowic. Wskutek tego między Szczepanowicami a Wojniczem powstała wyspa, na której ok. 1470 r. założono wieś Isep. Od końca XV w. Dunajec płynął znowu jednym nurtem: między Szczepanowicami a Ispem. Wskutek zmiany koryta Dunajca Wola Pelczowska, zwana także Wola Pilczów, a od XVI w. do czasów najnowszych – Pińczów (na Zawodziu), znalazła się na lewym brzegu rzeki. Źródło z 1475 r. stwierdza, że parafia Jodłowka była identyczna z Pelczowską Wolą. Należały do niej także Szczepanowice.
Najwcześniejsza znana obecnie wiadomość źródłowa o Jodłówce oraz o istniejącym w niej kościele i parafii pochodzi z 1407 r., a najstarsza wzmianka o Szczepanowicach – z 1408 r. Pierwszym znanym z imienia proboszczem w Jodłówce był ks. Stanisław (1470–1475). Pierwsze wzmianki o istnieniu szkoły parafialnej w Jodłówce pochodzą z 1518 i 1527 r.