91, ..

23 listopada 1943 na posiedzeniu KC PPR, odbytym po aresztowaniu przez Gestapo dotychczasowego sekretarza PPR Pawła Findera, objął kierownictwo partii, zostając wybrany na sekretarza PPR (kontrkandydatami byli Bolesław Bierut i Franciszek Jóźwiak). Autor podstawowych dokumentów programowych, w tym wydanej w 1943 broszury O co walczymy?.

Inicjator utworzenia Krajowej Rady Narodowej, bez uprzedniej zgody MoskwyNorman Davies: Boże Igrzysko, s. 1008., zorientowanej wówczas na „jednolitofrontową” linię polityczną. Utworzenie KRN wiązało się też z konfliktem Gomułki z Bolesławem Bierutem. Gomułka uważał, że kluczową sprawą dla komunistów w Polsce jest pozyskanie autentycznego poparcia społecznego (próby rozmów z lewicowymi socjalistami z Robotniczej Partii Polskich Socjalistów i ludowcami w celu włączenia ich do KRN, a nawet koncepcja likwidacji KRN w celu wejścia do tworzonego przez ludowców i RPPS – Centralnego Komitetu Ludowego). Bierut uznawał za najważniejsze wkroczenie do Polski Armii Czerwonej i jej poparcie dla przemian ustrojowych, gdyż wtedy to PPR „stanie się przedmiotem zabiegów ze strony innych partii”. Konflikt ten spowodował wysłanie przez Bieruta listu do Georgija Dimitrowa oskarżającego m.in. Gomułkę, że gotowy był „wlec się w ogonie ugrupowań reakcyjnych, popierających rząd londyński”.