w tym czasie żona Gomułki odsiadywała 3-letni wyrok za działalność komunistyczną) i osadzony w więzieniu w Sieradzu (był tam przywódcą „komuny więziennej” liczącej ok. 400 więźniów). W 1939 wraz z całą „komuną” złożył wniosek o przyjęcie na ochotnika do wojska. Wniosek został odrzucony. Był z przerwami przetrzymywany w więzieniu do wybuchu II wojny światowej (łącznie spędził w więzieniu 6 lat). W sierpniu 1938 KPP została rozwiązana, a większość jej przywódców zamordowana w ZSRR w okresie „wielkiej czystki” (spora grupa już w 1937). Największa grupa polskich komunistów przetrwała w więzieniach II RP.
Okres okupacji. Sekretarz generalny PPR Po agresji III Rzeszy na Polskę został zwolniony z więzienia w Sieradzu, po czym po krótkim pobycie w Warszawie (uczestniczył w budowie umocnień obronnych) przedostał się przez zieloną granicę na terytorium okupacji sowieckiej do Białegostoku, gdzie został kierownikiem schroniska dla byłych członków KPP. Na początku 1940 przyjechał do Lwowa, gdzie został kierownikiem wydziału produkcji zeszytów w fabryce „Biblos”. W 1941 został przyjęty do Wszechzwiązkowej Komunistycznej Partii (bolszewików).