Pewnym novum była tylko reforma dwóch szkół wyższych – Akademii Krakowskiej i Wileńskiej – które oprócz pełnienia obowiązków typowych dla uczelni wyższych, zajęły się także bezpośrednim nadzorem szkół średnich i podstawowych. W czasach stanisławowskich podjęto próbę reformy nauczania uniwersyteckiego w duchu oświecenia. Uniwersytety miały stać się w zasadzie wyższymi szkołami zawodowymiPrawo rzymskie, słownik encyklopedyczny pod redakcją Witolda Wołodkiewicza, Warszawa 1986, s. 226..
W szkołach średnich i w mniejszym stopniu w podstawowych, stara kadra nauczycielska oparta na klerze wywodzącym się z zakonu jezuitów była stopniowo wymieniana na absolwentów zreformowanej Akademii, dzięki czemu opór szkół średnich i podstawowych przed reformami stopniowo malał.
Komisja miała też silny wpływ na szkoły zakonne, które pozostawały częściowo niezależne, ale mimo wszystko musiały przynajmniej formalnie podporządkowywać się jej zarządzeniom.