Pułkownik Shaw próbował protestować przeciwko, jak to sam ujął, "satanistycznej akcji", ale ustąpił wobec groźby wtrącenia do więzienia i przejęcia dowództwa nad 54 Pułkiem przez pułkownika Jamesa Montgomery'ego (oficjalnego dowódcy w czasie wypadu do Darien).

Bitwa o Fort Wagner 54 Pułk zdobył sławę w czasie ataku na Fort Wagner (18 lipca 1863 roku), gdy podczas szturmu poniósł najcięższe straty, tracąc prawie połowę swojego stanu, wliczając w to pułkownika Shawa trafionego w serce. Czarni żołnierze zdobyli parapet fortu i utrzymali go przez godzinę, zanim zostali zmuszeni do cofnięcia się. To osiągnięcie i straty elitarnego czarnego pułku, mocno wykorzystywane przez prasę abolicjonistyczną, spowodowały zmianę w postrzeganiu czarnych żołnierzy na Północy. Gazeta New York Tribune uważał, że ta bitwa „uczyniła Fort Wagner dla czarnej rasy tym, czym Bunker Hill stał się dla Jankesów 90 lat wcześniej”.

Dziesięć lat po tych wydarzeniach William Harvey Carney, chorąży pułku w czasie ataku na fort, jako pierwszy Afroamerykanin został odznaczony Medalem Honoru.

Podczas wojny 54 Pułk walczył jeszcze osłaniając odwrót wojsk Unii po przegranej bitwie pod Olustee.

Rozformowanie i reaktywacja Pułk został rozwiązany 20 sierpnia 1865, po zakończeniu działań wojennych.