W 1993 zastąpił podejrzewanego o defraudacje finansowe Ulfa Sundqvista na stanowisku przewodniczącego socjaldemokratów. Dwa lata później doprowadził to ugrupowanie do zwycięstwa w wyborach parlamentarnych. Od marca do kwietnia 1995 był przewodniczącym parlamentu, następnie stanął jako premier na czele koalicyjnego rządu. W kolejnych wyborach z 1999 kierowane przez niego ugrupowanie pozostało największą siłą polityczną w Eduskuncie. Paavo Lipponen dzięki temu pozostał na czele rządu przez dalsze cztery lata. Po porażce wyborczej z 2003 podpisał umowę koalicyjną ze zwycięską Partią Centrum, objął po raz drugi w swojej karierze stanowisko marszałka Eduskunty.
W 2005 zrezygnował z przewodniczenia Socjaldemokratycznej Partii Finlandii, a dwa lata później z ubiegania się o reelekcję w wyborach krajowych. Po zakończeniu działalności politycznej został zatrudniony jako konsultant przez zależną do rosyjskiego Gazpromu spółkę Nord Stream, będącą inwestorem Gazociągu Północnego. Powierzono mu w zakresie obowiązków reprezentowanie firmy w kontaktach z władzami i instytucjami fińskimi. W 2011 zadeklarował zamiar ubiegania się o nominację na kandydata do wyborów prezydenckich z ramienia Socjaldemokratycznej Partii Finlandii.