Nagakura rozpoczął naukę kenjutsu w wieku 8 lat, w dojo Shindō Munen-ryū, którego mistrzem był Okada Juusuke Toshisada (rozpoczął naukę nawet wcześniej niż Sōji Okita, który wstąpił do szkoły Tennen Rishin Ryū w wieku 9 lat). Dojo mieściło się w Kanda Sarugaku-cho (nazwa dzielnicy). W wieku 18 lat osiągnął stopień mokuroku (6. dan), a w wieku 22 lat otrzymał certyfikat menkyo kaiden. Mając 19 lat opuścił służbę klanu Matsumae, aby podróżować i doskonalić swoją technikę. Spędził trochę czasu w dojo Shintou Munen Ryu, prowadzonym przez Yurimoto Shūzou.
W dojo Shingyoto Ryū prowadzonym przez Tsubouchi Shume spotkał Shimadę Kai, przyszłego zastępcę dowódcy drugiej jednostki Shinsengumi. Później zaczął bywać w Shieikan, dojo Isami Kondō, w którym ostatecznie studiował przez jakiś czas.
W 1863 (Bunkyu 3) wraz z Kondō i jego uczniami dołączył do Rōshi-tai. Wkrótce po przybyciu do Kioto, wraz z Kondō, Serizawą Kamo i innymi odszedł od Rōshi-tai, uważając cele grupy za zdradzieckie. Założony przez nich oddział, pozostający pod opieką Kyoto Shugoshoku ("Opiekuna Kioto") Matsudairy Higo no Kami (Katamori z Aizu) i dowodzony przez Kondō i Serizawę, po wydarzeniach 18 sierpnia 1863 stał się znany jako "Shinsengumi". Nagakura został dowódcą drugiej jednostki.