luna „księżyc”; przyrostek –ensis „miejsce”; w aluzji do miejsca typowego.

Klasyfikacja Paul Sereno i współpracownicy (1993) ze względu na budowę kończyn przednich zaklasyfikowali eoraptora do teropodów. Pogląd ten był podzielany przez wielu autorów, m.in. przez Novasa (1996), Sereno (1999) i Rauhuta (2003), jednak liczne nowsze analizy sugerują, że nie był on teropodem i uznają go za bazalnego dinozaura gadziomiednicznego Abstrakt na Dinosaur Mailing List .. Nicholas Fraser i współpracownicy (2002) w ogóle nie uznali go za dinozaura i zaklasyfikowali do szerszego kladu Dinosauriformes. Według analizy kladystycznej przeprowadzonej przez Langera i Bentona (2006) Eoraptor jest taksonem siostrzanym dla Eusaurischia – grupy obejmującej teropody i zauropodomorfy – jednak autorzy nie wykluczyli możliwości, iż w rzeczywistości jest on bazalnym teropodem. Stwierdzili również, że jest on bardziej zaawansowany niż herrerazaur i staurikozaur – inne wczesne dinozaury uznawane przez niektórych za teropody – jednak którakolwiek z hipotez dotyczących pozycji systematycznej eoraptora nie może być z całą pewnością potwierdzona.