Pierwsze wzmianki z lat 1508–1565 odnotowują wodny młyn popowski o jednym kole wodnym, którego koło zobrazowane zostało w herbie miejscowości. Miejscowość w początku XVI wieku stała się własnością szlachecką. W 1515 król polski Zygmunt I Stary, w zamian za zrzeczenie się prawa dziedzicznego do miast królewskich Pobiedziska i Kościana oraz do kwoty 8000 złotych, nadał kasztelanowi poznańskiemu Łukaszowi z Górki na prawie dziedzicznym zamek Wieleń wraz z miastami Wieleń oraz Wronki, a także z okolicznymi wsiami, a w tym m.in. z wsią Popowo. W 1565 dobra królewskie Wieleń, w tym Popowo, znajdowały się w posiadaniu starosty kolskiego Stanisława z Górki.
W 1557 wojewoda brzeski i kujawski Łukasz III Górka sprzedał z zastrzeżeniem prawa odkupu kasztelanowi santockiemu Mikołajowi Borkowi Gostyńskiemu miasto Wronki oraz wsie Biezdrowo, Popowo, Klempicz i Zakrzewo za 10000 złotych. W 1562 Mikołaj Gostyński dobra te z powrotem wydzierżawił za 10000 złotych Łukaszowi Górce. W 1568 Łukasz z Górki wojewoda poznański sprzedał kasztelanowi śremskiemu Wojciechowi Czarnkowskiemu miasto Wronki wraz z wsiami, w tym m.in. z Popowem, za 77 000 złotych, a Wojciech Czarnkowski zapisał żonie Barbarze córce zmarłego Andrzeja z Górki oraz siostrze Łukasza po 25 000 złotych posagu oraz wiana na 1/4 dóbr Czarnków oraz na połowie dóbr Wronki, w tym m.in.