Zmarł 27 sierpnia 1521 r. w Condé-sur-l’Escaut w prowincji Hainaut, przy dzisiejszej granicy z Belgią. W swoim testamencie przekazał kolegiacie Notre Dame w Condé-sur-l’Escaut, w której pod koniec życia pełnił funkcję proboszcza, dom i wszystkie swoje posiadłości, fundując sobie wieczyste wspominki polegające na śpiewaniu podczas uroczystych procesji, przed jego domem, jego własnych kompozycji. Cieszył się dużą sławą, był pierwszym kompozytorem, którego utwory drukowano za życia.
Działalność kompozytorska Josquin des Prés komponował prawie wyłącznie muzykę wokalną. Twórczość jego obejmuje podstawowe gatunki muzyki religijnej tego okresu, czyli msze i motety, oraz świecką chanson. Twórczość mszalna obejmuje 18 cykli ordinarium, opartych na cantus firmus zaczerpniętym z chorału. W jego motetach cantus firmus, pochodzący z chorału lub muzyki świeckiej, wprowadzany jest często w trakcie utworu. Chansons wykazują ogromną różnorodność ukształtowań formalnych, kompozytor opracowywał wiersze prawie wszystkich form i typów tematycznych tych czasów. Wiele motetów utrzymanych jest też w technice przeimitowanej. Utwory Josquina des Prés, mimo stosowania licznych imitacji, są bardzo czytelne i przejrzyste. W swoich dziełach coraz częściej zaczął stosować trójdźwięki, a głos basowy zaczął być traktowany jako podstawa harmoniczna.