Akademickie nauczanie medycyny w Warszawie zostało przerwane na 26 lat, a o rozwój naukowy i zawodowy środowiska lekarskiego dbały w tym czasie Towarzystwo Lekarskie Warszawskie i Rada Lekarska Królestwa Polskiego.
Wybuchy kolejnych epidemii i brak odpowiedniej liczby lekarzy wymusiły na zaborcy podjęcie decyzji o powołaniu uczelni medycznej. Najpierw w 1857 utworzono Akademię Medyko-Chirurgiczną, kontynuującą tradycje Wydziału Lekarskiego Królewskiego Uniwersytetu Warszawskiego. W 1862 Akademia Medyko-Chirurgiczna została włączona jako Wydział Lekarski do Szkoły Głównej Warszawskiej.
Wzmożona rusyfikacja uczelni po upadku powstania styczniowego (1863–1864) przerwała jej działalność. W 1869 powstał Cesarski Uniwersytet Warszawski, w którym językiem wykładowym był język rosyjski. Miejsce polskich wykładowców zajęli rosyjscy. Uczelnia była bojkotowana przez patriotyczną polską młodzież, która wybierała szkoły zagraniczne.
II Rzeczpospolita Odrodzenie warszawskiego kształcenia medycznego stało się możliwe dopiero 1915 podczas I wojny światowej, gdy do Warszawy wkroczyli Niemcy.