grzybic narządowych ze względu na organ zainfekowany.
Podział ze względu na nazwę naukową Powszechny jest, szczególnie w literaturze medycznej i weterynaryjnej, podział ze względu na naukową nazwę choroby, która jest związana z czynnikiem etiologicznym. Jest on jednak mało popularny ze względu na brak możliwości rozpoznania klinicznego patogenu, który wywołał daną grzybicę. aspergiloza blastomykoza chromoblastomykoza drożdżyca (blastomykoza) histoplazmoza kandydoza kokcydioidomykoza kryptokokoza maduromykoza mukormykoza sporotrychoza
Podział według pochodzenia zakażenia endogenne – wywołane przez saprofity, np. Candida albicans, Geotrichum candidum egzogenne – wywołane przez grzyby pochodzące z otoczenia, nie będące naturalną florą człowieka pośrednie endo- i egzogenne – Aspergillus fumigatus, Cryptococcus neoformans i rodzaj Mucor