Historia Pierwsze ślady człowieka na terenie Marcinkowic związane są z kulturą łużycką (XV–V w. p.n.e.) – Grodzisko nad zakolem Dunajca oraz na Białowodzkiej Górze (wzniesienie Zamczysko 608 m). Były to kawałki glinianych naczyń, broni itp.
Marcinkowice jako wieś powstały prawdopodobnie w XIV wieku, w 1390 roku notowane są w zbiorze dokumentów staropolskich. Nazwa wsi Marcinkowice pochodzi od imienia Marcinek, domniemanego rycerza założyciela.
Od XIV–XV wieku Marcinkowice były wsią rycerską, a od przełomu XV/XVI wieku – szlachecką, przez długi okres należały do rodziny Marcinkowskich, herbu Gryf. W czasie potopu szwedzkiego Szwedzi i bracia polscy z Dąbrowy spalili dwór oraz inne zabudowania wiejskie.
W wyniku I rozbioru Polski Marcinkowice znalazły się w granicach Austrii. W 1864 roku właścicielami wsi zostali hrabiostwo Marasse z Jurkowa.
16 grudnia 1884 roku oddana została do użytku Galicyjska Kolej Transwersalna, przechodząca przez wieś.
W 1886 roku wybudowano pierwszą szkołę powszechną. Kolejnym właścicielem dworu i majątku został w 1891 roku Albert Fauck, do którego należały kopalnie ropy naftowej w Klęczanach.