Dzięki staraniom Zbigniewa Oleśnickiego i Jana Długosza powrócił do Krakowa prawdopodobnie zimą roku 1450. Jako profesor Akademii Krakowskiej zajmował się astronomią, dla której ufundował katedrę, i matematyką (geometrią). Był także fundatorem (po roku 1450) katedry astrologii, która zdobyła wkrótce europejski rozgłos. Podtrzymywał bliskie naukowe kontakty z astronomami: austriackim Peurbachem i niemieckim Regiomontanusem. W tym okresie był także lekarzem biskupa krakowskiego.
Po śmierci (1460) pokaźny majątek zgromadzony przez Marcina w większości przypadł, zgodnie z jego wolą, Uniwersytetowi Krakowskiemu. Niemałą kwotę otrzymał też jego rodzony brat – Florian, chłop osiadły w rodzinnej Żurawicy.
Twórczość W roku 1445 opracował traktat o arytmetyce ułamków i wprowadził wykłady w tym zakresie na Akademii Krakowskiej na Wydziale Sztuk Wyzwolonych. Autor m.in. dzieł: Opus de geometria, Algorismus minuciarum i Nova compilatio algorismi minutiarum.