Głównymi zamkami krzyżackimi na Żmudzi były Dubissa, Tylża, Fredeburg, zamek nad Ełkiem.
W maju 1409 z inspiracji Witolda i Jagiełły na Żmudzi wybuchło ponowne powstanie, a Witold przysłał swego namiestnika Rumbolda. Po bitwie pod Grunwaldem Jagiełło i Witold podpisali w 1411 roku z zakonem krzyżackim pokój toruński, w którym Krzyżacy zrzekli się Żmudzi na czas życia Witolda. Po jego śmierci Żmudź miała wrócić do zakonu.
Po pierwszym pokoju toruńskim, w roku 1413, mocą unii horodelskiej pomiędzy Koroną Polską a Litwą ustanowione zostało Księstwo Żmudzkie, które zostało włączone do Wielkiego Księstwa Litewskiego jako starostwo z zachowaniem pewnych odrębnych przywilejów. W tym samym roku Żmudź przyjęła chrzest. Starostwem żmudzkim zarządzali starostowie. W konsekwencji przyjęcia chrztu w 1417 powstała diecezja żmudzka ze stolicą w Miednikach.
W 1418 roku Żmudzini podnieśli bunt przeciwko Witoldowi, opowiadając się za Świdrygiełłą i sprzeciwiając się chrystianizacji, jednak Kieżgajło Wolumintowicz w 1419 roku krwawo go stłumił, ścinając 60 najważniejszych przywódców żmudzińskich.