Czasy II wojny światowej W czasie II wojny światowej terror hitlerowski w stosunku do Polaków przejawiał się najtragiczniej jesienią 1939 r. Członkowie Selbstschutzu aresztowali wtedy 12 osób. Spośród nich zginęli trzej bracia Sowińscy, właściciele ziemscy z Gortatowa. Nauczyciel z Jastrzębia, Antoni Szymański zmarł w obozie Mauthausen-Gusen. Urna z jego prochami złożona na cmentarzu parafialnym w Jastrzębiu, a pamięć utrwalona tablicą pamiątkową w miejscowym gimnazjum. Dwóch aresztowanych zostało podczas okupacji zwolnionych z obozów koncentracyjnych. Uniknął aresztowania proboszcz ks. Tomasz Gosk. Jesienią 1939 r. gestapo skonfiskowało księgi parafialne, a w lutym 1940 r. władze okupacyjne skonfiskowały 117 ha gruntów uprawnych należących do parafii. Dzieła okupacyjnych zniszczeń dokończyli żołnierze sowieccy w styczniu 1945 r. Funkcjonariusze NKWD wyeliminowali przeciwników władzy ludowej i wprowadzając sowiecki system na opanowanych obszarach dokonywali aresztowań wielu Polaków w powiecie brodnickim, w tym czterech osób z parafii Jastrzębie. Internowani, przez obozy przejściowe, pieszo, pod konwojem, zostali skierowani do punktu zbornego w Ciechanowie. Stąd w wagonach towarowych, w kwietniu 1945 r. zostali wywiezieni w głąb Związku Radzieckiego, do łagrów w rejonie Uralu.