Historia Ilkowice istniały już w 2 połowie XIV wieku. Według kronik w 1409 roku osada należała do Wincentego Granowskiego, syna Wincentego z Granowa herbu Leliwa. Najstarsza część Ilkowic obejmowała zabudowania na dzisiejszej ulicy Partyzantów i Św. Floriana w pobliżu rzeki Dunajca. W latach 70. XVI wieku wieś należała do wojewody lubelskiego Jana Tarły, znajdowała się w powiecie pilzneńskim województwa sandomierskiegoWojewództwo sandomierskie w drugiej połowie XVI wieku. ; Cz. 2, Komentarz, indeksy, Warszawa 1993, s. 109.. W latach 1975–1998 miejscowość należała administracyjnie do województwa tarnowskiego. Obecnie wzrasta liczba mieszkańców oraz stopień zabudowania miejscowości w związku z coraz liczniejszym osiedlaniem się ludności, głównie miejskiej z pobliskiego Tarnowa oraz sąsiednich miejscowości.