Po wojnie trzynastoletniej wieś znajdowała się na terenie Prus Zakonnych, później Prus Książęcych na pograniczu z Warmią.
W 1913 roku Gudniki wraz z Łankiejmami (siedziba majoratu) i nieistniejącym folwarkiem od przedstawiciela rodu von der Groeben dzierżawił Walter Hering, a ostatnim dzierżawcą był Albert Krieger. Dzierżawione majątki miały powierzchnię 920,5 ha. W tym czasie w Gudnikach był nieduży dwór i cegielnia.
Przed II wojną światową w Gudnikach funkcjonowała szkoła jednoklasowa (budynek szkoły z 1870 r.). Po roku 1945 była tu szkoła czteroklasowa.
Po 1945 dawny majątek ziemski włączony był do PGR, we wsi równolegle funkcjonowały też gospodarstwa chłopskie. W roku 1973 Gudniki należały do sołectwa Babieniec, a obecnie są samodzielną wsią sołecką.
Dawna parafia Pod koniec XV w. była tu samodzielna parafia, która należała do archiprezbiteraratu reszelskigo. Po reformacji, gdy na terenie Prus Książęcych od 1525 wprowadzono wyznanie luterańskie jako obowiązujące, kościół w Gudnikach do roku 1528 był filią katolickiej parafii w Reszlu. Później do 1945 r. był kościołem filialnym parafii luterańskiej w Łankiejmach. Pierwszym znanym pastorem dla tych kościołów był Johann Wagner w latach 1554-1557, a ostatnim Curt Schlösser w latach 1939–1945. W okresie od XVI do XVIII w.