7 września 1939 Wehrmacht wraz z oddziałami SS wkroczyły do Goworowa od strony miejscowości Szczawin. Nazajutrz w wiosce pojawiły się grupy operacyjne (Einsatzgruppen), które przystąpiły do mordów na ludności żydowskiej i polskiej. W wiosce przebywali wówczas nie tylko jej mieszkańcy, ale także uciekinierzy z Ostrołęki, Pułtuska, Różana i Ostrowi MazowieckiejW. Łukaszewski, Pod dwiema okupacjami (1939–1945),, [w:] „Dzieje powiatu ostrołęckiego”, red. J. Gołota, J. Mironczuk, J. Kijowski, Ostrołęka 2018, s. 325–327..
9 września 1939 Niemcy zapędzili ludność żydowską do synagogi z zamiarem podpalenia jej. Gdy okna i drzwi szczelnie zamknięto, sprawcy oblali budynek benzyną i podpalili. Wówczas na miejscu pojawił się wyższy rangą oficer Wehrmachtu, który nakazał wypuścić Żydów z synagogi, postrzegając ten czyn jako zbyt okrutny. Wobec tego Żydzi zostali wypędzeni z wioski i nakazano im się udać za rzekę Orz. Koczowali tam przez trzy dni, do momentu, gdy zostali stamtąd przepędzeni przez NiemcówJ. Szczepański, Społeczność żydowska Mazowsza w XIX-XX wieku, Pułtusk 2005, s. 393.. Zachowała się relacja naocznego świadka tego incydentu, która przechowywana jest w archiwum instytutu Yad Vashem. W następujący sposób Cwi Riżik wspominał to zdarzenie: „Zostaliśmy zamknięci ze wszystkich stron. Drzwi i okna zabito deskami.